Le Musée est installé depuis 1982 dans une ancienne demeure bourgeoise située à proximité de l’hôtel de Ville. Les collections permanentes sont composées des collections archéologiques qui rappellent les premières occupations humaines connues dans cette région de la préhistoire jusqu’au Moyen Age. Ce sont d’importantes collections issues des fouillesTravaux qui permettent de mettre à jour et d'étudier les vestiges enfouis des sociétés du passé. des tumulus celtes et du cimetière mérovingien de Doubs. Le musée propose aussi des collections de faïences ainsi qu’une section consacrée aux années de l’absinthe, évoquant une période qui s’étale sur plus d’un siècle : de 1805 à 1915, de l’Empire à la première guerre mondiale, des débuts de la photographie à ceux de l’automobile, de la retraite de l’armée de l’Est aux débuts du cinéma… La peinture comtoise ainsi que la bibliothèque de Xavier Marmier, voyageur et écrivain du XIX° siècle, complètent l’ensemble. L’ensemble de ces collections constitue un ensemble homogène où l’on peut lire l’histoire de Pontarlier et du Haut-Doubs.